Không tựa như các tôn giáo khác, Công giáo vô cùng gặp nhiều trở ngại khi bắt đầu gia nhập vào Việt Nam (đầu thế kỷ XVI). Điều này phần lớn là do các nhà truyền giáo từ chối không thừa nhận và sáp nhập chuyện thờ cúng tổ tiên và các phong tục địa phương như đa thê, tín ngưỡng đa thần vân vân…. vào tín ngưỡng công giáo nhất là ở thời điểm Việt Nam đang bị rối loạn bởi một cuộc chiến tranh nội bộ không ngừng (Trịnh-Nguyễn). Đây cũng là thời kỳ Việt Nam có một số phận và một kịch bản tương tự như Nhật Bản với một triều đại hợp pháp dưới sự giám hộ của một gia đình quyền lực cha truyền con nối mà được cha Alexandre de Rhodes nhận xét trong cuốn sách « Lịch sử của Vương quốc Bắc Kỳ ». Ông nhấn mạnh trong quyển sách những gì chúng ta nói về « chúa » có liên quan đến những gì chúng ta kể về « daishi » của người dân Nhật. Đó là lý do tại sao trong thời kỳ này, Công giáo được tiếp thu một cách thất thường bởi hai gia đình cai trị, họ Trịnh ở miền Bắc (Đàng Ngoài) và họ Nguyễn ở miền Nam (Đàng Trong) với một cuộc xung đột không ngừng giữ vua làm đứa con tin. Họ thường thay phiên nhau dung tha cấm kỵ và thậm chí ngược đãi nhửng người công giáo nữa. Mặc dù vậy, Công giáo bắt đầu có được sự ưu ái với những người bất hạnh và triều đình qua cha Alexandre de Rhodes.
Alexandre de Rhodes
Ông nầy là một nhân vật xuất sắc với khả năng ngôn ngữ phi phàm. Ông sinh ra ở Avignon năm 1591 và xuất thân từ một gia đình thương nhân có lẽ là người Do Thái. Ông đuợc chọn vào thời điểm đó để trở thành người lãnh đạo và nhà diễn viên thiết yếu của các phái bộ công giáo ở vương quốc Bắc Kỳ. Ông cố gắng giành được sự ưu ái của các lãnh chúa qua những người thân cận của họ với những món quà đặc biệt như các đồng hồ và sách toán. Sự thành công của ông được thấy rõ ràng ở miền Bắc với chúa Trịnh Tráng. Ngược lại ở miền nam ông bị Sãi vương đuổi mặc dù ông đã thành công trong việc cải đạo về sau nầy một người thân thuộc của Sãi vương, bà Mary Magdalene bằng cách rữa tội. Bị thất bại trong cuộc chinh phục Đàng Trong (miền nam), chúa Trịnh Tráng đổ lỗi nầy cho người nước ngoài nhất là các nhà truyền giáo công giáo. Sau đó Trịnh Tráng cấm việc cải đạo nếu không tuân sẻ bị xử tử. Nhà truyền giáo bền bỉ Alexandre de Rhodes cuối cùng bị trục xuất ra khỏi Vietnam vào tháng 5 năm 1630 trong lúc đó ông để lại ở đất nước nầy ít nhất 50.000 con chiên được giám sát bởi các nhà giáo lý công giáo và một gia tài văn hóa mà không có người dân Việt nào phủ nhận được ngày nay. Tên của ông được tiếp tục trân trọng trong ký ức tập thể của người dân Việt vì nhờ ông mà Việt Nam là một quốc gia duy nhất ở Viễn Đông có một văn tự la mã hóa. Được có nguồn cảm hứng từ các công việc la tinh hóa tiếng Trung Hoa của hai ông Ricci và Diego de Pantoja, Alexandre de Rhodes đã thành công cung cấp không chỉ một hệ thống ký hiệu ngôn ngữ dựa trên các âm của tiếng Việt và được bổ sung cho trường hợp này bằng một hệ thống các dấu trọng âm được thấy sử dụng trong các tiếng Ba Lan, Hung Gia lợi và Bồ Đào Nha mà còn là một công cụ không thể so sánh được để thoát được ành hưởng Trung Hoa về mặt trí tuệ và phổ biến văn hóa ở Viễn Đông. Ông cho xuất bản một cuốn từ điển Việt-Latinh-Bồ Đào Nha vào năm 1651. Vì bị trục xuất khỏi Việt Nam, công việc của ông đành hoãn lại và được hai đức cha Pigneaux de Beahaine và Taberd tiếp tục bổ túc và hoàn thành sau nầy.
Công giáo Việt Nam có được một thời gian tạm yên với cuộc nổi dậy của nhà Tây Sơn và đạt đến đỉnh cao trong thời kỳ thống nhất đất nước dưới sự lãnh đạo của vua Gia Long. Ông được đức cha Pigneau de Behaine bảo vệ và che giấu khi ông còn là một hoàng tử trẻ Nguyễn Ánh bị quân Tây Sơn săn đuổi và truy nã ở phía nam của đồng bằng sông Cửu Long (Hà Tiên, Phú Quốc). Để bày tỏ lòng biết ơn với một người đã từng cho ông thức ăn và giúp ông chinh phục lại ngai vàng với các lính đánh thuê người Pháp, vua Gia Long lúc nào cũng cố giữ một thái độ khoan dung và cởi mở như hoàng đế nhà Thanh Khang Hy ở Trung Quốc (1661-1722). Ông biết tôn trọng trong thời gian ngự trị, các nhà truyền giáo và các con chiên Kitô mặc dù ông vẫn khuyến khích sự hồi sinh của Nho giáo truyền thống. Sự qua đời của ông (năm 1820) được tiếp theo đó với bốn mươi năm hũy bỏ gần như hết, tất các ảnh hưởng của châu Âu cùng các cuộc đàn áp chống lại người Công giáo dưới triều đại của các vua Minh Mạng, Thiệu Trị và Tự Đức. Mặc dù vậy, Công giáo Việt Nam vẫn tiếp tục phát triển một cách vất vã và tránh được nhờ ở nơi con người Nguyễn Trường Tộ, sư ô hợp giữa tôn giáo và nước Pháp giã vời bảo vệ công giáo chống lại những kẻ vô thần. Ông sinh ra trong một gia đình công giáo ở Nghệ An (miền Bắc Việt Nam). Đồng hành cùng với đức cha Gauthier trong chuyến đi đến Âu Châu, ông đã có cơ hội theo dõi, tại thời điểm đó, các giáo trình tại Sorbonne (Paris). Với cái nhìn của một người Việt công giáo yêu nước và trí thức, có cơ hội đi ra nước ngoài, ông tiếp tục tin rằng cách duy nhất để cứu đất nước ra khỏi mối đe dọa từ nước ngoài và duy trì được nền độc lập đó là chính sách mở cửa các biên giới không chỉ cho người Pháp mà cho cả người Anh và Hà Lan và cần có một loạt các dự án cải cách chính trị, xã hội và công nghệ. Nhờ thế Việt Nam mới tránh được sự cô lập, hiện đại hóa và có được trang bị các công nghệ tốt hơn để đối phó trước tham vọng lãnh thổ của các nước ngoài. Rất đáng tiếc giác thư của ông không được vua Tự Đức chấp nhận. Trước một nhóm quan lại Nho giáo thân cận của vua Tự Đức, ông buộc lòng phải xin nghỉ hưu vài năm sau đó. Ông về quê nhà và qua đời vào năm 1871. Ông mang theo ông nỗi đau và nỗi buồn của một người công giáo yêu nước để nhìn thấy đất nước mình chìm trong sự hỗn loạn và vòng nô lệ. Bị giằng co giữa đức tin mãnh liệt và lòng yêu nước, Nguyễn Trường Tộ thành công cho chúng ta thấy đưỡc thái độ và cách cư xử mẫu mực của ông. Ông vừa là một người công giáo nhiệt thành mà còn là người bảo vệ nền độc lập dân tộc.
Mặc dù có một thời gian dài quan hệ xung đột với tổ quốc, thường bị buộc tội thông đồng với người nước ngoài, trong suốt thời gian tồn tại, Công giáo Việt Nam đã cho thấy có không những khả năng kháng cự, nhẫn nhục và thích ứng mà còn có luôn cả sức mạnh, sức sống và sự tham gia tích cực. Nó còn mang tính cách xây dựng mà quốc gia này cần có trong những thời điểm đen tối nhất của lịch sử Việt Nam. Lúc nào cũng lo lắng cải thiện số phận của các người nghèo, Công giáo Việt Nam biết cách hành sự trong quá khứ cũng như hiện tại với các nổ lực nhân đạo và từ thiện xứng đáng trong tình yêu của Chúa Kitô thông qua các trường học, trại trẻ mồ côi vân vân … Nhờ đó, Công giáo thành công xâm nhập được vào sự tập hợp của ba tôn giáo chính (Phật giáo, Nho giáo và Đạo giáo) và cuối cùng hoà mình vào đời sống tâm linh của người dân Việt. Công giáo đã từ lâu là một tôn giáo quan trọng của quốc gia. Với 8 triệu người Công giáo, Việt Nam trở thành là quốc gia công giáo thứ nhì ở Viễn Đông đứng sau Phi Luật Tân .