Phật giáo dưới thời Đinh, Tiền Lê, Lý, Trần
Sau khi Vietnam khôi phục lại nền độc lập, Phật giáo mới tìm được sự chấn hưng lại với vua Đinh Tiên Hoàng. Một đệ tử của nhà sư Văn Phong từ chùa Khai Quốc (Hànội) tên là Ngô Chấn Lưu được vua phong làm Tăng thống tức là lãnh tụ tối cao của các tu sĩ Phât giáo. Từ đó ông có danh hiệu là Khuôn Việt Đại sư vì ông được quyền tham gia vào mọi viêc triều chính với chức vụ là cố vấn. Xuất thân từ phái của nhà sư Trung Hoa Vô Ngôn Thông, Ngô Chấn Lưu nổi tiếng về kiến thức uyên thâm và về học thuyết Dhyana mà được gọi ngày nay là Thiền. Sự phát triển của Phật giáo càng tiếp tục vững chắc thêm với vua Lê Đại Hành (hay Lê Hoàn). Trong một cuộc viễn chinh ở Chămpa vào năm 985, vua đã thành công trở về mang theo một tu sĩ Ấn Độ (Thiên Trúc) đang ở lúc đó trong tu viện Đồng Dương. Dưới triều đại Tiền Lê, các tu sĩ đóng giữ một vai trò quan trọng vì họ là những người có nhiều kiến thức. Đó là trường hợp của thiền sư Ngô Chấn Lưu. Ông được vua Lê Đại Hành giao giữ trách nhiệm đón tiếp sứ giã Lý Giác cùng đoàn tuỳ tùng Trung Hoa của Tống triều. Khi trở về nước, Lý Giác được tiễn đưa với một khúc nhạc (hay từ) tựa đề “Ngọc Lang Quy”. Ngoài các văn thư ngoại giao chính thức, khúc từ nầy được xem không những một văn phẩm qúi báo và quan trọng trong việc bang giao giữa Vietnam và Trung Hoa mà còn xem rất xưa trong văn học Vietnam. Người ta cũng không quên đến cuộc đối thoại ngôn ngữ ngẫu hứng của pháp sư Đỗ Thuận cải trang làm người chèo đò với sứ giã Lý Giác. Ông nầy đang thấy hai con ngỗng hoang dã đang chơi trên đỉnh sóng, Lý Giác mới bất đầu ngâm:
Ngỗng ngỗng hai con ngỗng
Ngữa mặt nhìn trời xa
Đỗ Thuận vừa chèo mà vẫn tiếp tục đối lại cùng vần:
Nước biếc phô long trắng
Chèo hồng sóng xanh khua
Ngoài sự song hành ở các ý tưởng cùng các ngôn từ, sự đối đáp nhanh chóng từ ngẫu hứng của pháp sư Đỗ Thuận khiến làm sứ giã Lý Giác thán phục. Vô cùng ngưỡng mộ, Lý giác không ngớt lời khen ngợi vua Lê Đại Hành bắng cách ví ông cùng vua nhà Tống trong một bài thơ lại có một câu như sau: Ngoài trời lại có trời soi rạng. Có nghĩa là sự tôn kính của ông với vua Lê Đại Hành cùng với vua nhà Tống như nhau. Đó là lời giải thích mà thiền sư Khuôn Việt lập lại với vua Lê Đại hành. Theo Thiền Uyển Tập Anh, trước khi viên tịch, Khuôn Việt đại sư có soạn một bài kệ tựa đề là “Cây và Lửa” nhầm khuyên dạy và chỉ dẫn đệ tử Đa Bảo:
Trong cây sẵn có lửa
Có lửa lửa lại sinh
Nếu bảo ấy không lửa
Cọ xát làm sao phát sinh?
Trong bài kệ nầy, ông muốn ám chỉ người qua cây và lửa được ví như Phật tính thường con người có sẵn ở trong tâm. Ông thầm nhắc với Đa Bảo chuyện sống chết đừng có lo lắng nhiều vì sự thay đổi của tạo hóa mà hảy tìm cho mình con đường giác ngộ qua chuyện cải thiện những nổ lực cá nhân của mình. Phật giáo Việt Nam được có thời kỳ vàng son dưới triều Lý (1009-1225) và Trần (1226-1400). Theo nhà nghiên cứu Nguyễn Thế Anh, Việt Nam trở thành một nước Phật giáo dưới hai triều nầy cũng như vương quốc Ayutthaya ở Thái Lan.Nhưng có một sự khác biệt là vương quốc nầy vẫn dùng tiếng phạn và pali để đọc các kinh điển Phật giáo và xem việc giải thoát do kết quả thu thập được từ những nổ lực cá nhân để có Phật tính. Còn Phật giáo Vietnam thì vẫn dùng tiếng Hán cổ điển để đọc các kinh điển Phật giáo và chọn con đường tập thể chung trong việc cứu rỗi và giác ngộ. Trước khi thành người sáng lập nhà Lý, Lý Công Uẩn (974-1028) có dịp lúc còn thơ ấu ở chùa Cổ Pháp, được nhà sư Khánh Vân nuôi dưỡng. Ông được dạy dỗ lúc 7 tuổi bởi thiền sư Vạn Hạnh. Ông nầy trở thành về sau cố vấn lỗi lạc của triều Lý. Ông thuộc về phái Ti Ni Đà Lưu Chi. Trước khi viên tịch, ông có để lại một bài kệ tựa đề là “Thi Đệ Tử”:
Thân như bóng chóp có rồi không
Cối xanh tươi thu não nùng
Mặc cuộc thịnh suy đừng sợ hãi
Kià kià ngọn cỏ gió sương đông.
Còn có rất nhiều thiền sư lỗi lạc cũng như sư Vạn Hanh dưới triều Lý. Đó là thiền sư Không Lộ (1016-1094) ở chùa Hà Trạch. Ông cũng tham gia việc triều chính và được phong làm Quốc sư dưới triều đại của vua Lý Nhân Tôn. Ông còn được dân gian cho rằng ông là tổ sư của nghề đúc đồng Vietnam. Ông thuộc về phái Vô Ngô Thông và Thảo Đường. Duới triều Lý, Phật giáo rất cường thịnh khiến có vô số chùa chiền được xây cất trong đó có một chùa nổi tiếng nhất là chùa Một Cột. Chùa nầy được sùng tu nhiều lần. Theo nhà nghiên cứu Hà Văn Tấn, ít có chùa nào còn giữ được hiện nay phong cách kiến trúc và điêu khắc ở dưới thời Lý và Trần. Cũng là sự nhận xét của vua Lê Thánh Tôn mà được ghi chép lại ở phiá sau một bia đá của chùa Đọi khi ông đi ngang qua nơi nầy: Minh khấu hung tàn, tự dĩ canh (Giặc Minh tàn bạo làm chùa thay đổ). Ngược lại với các vua triều Lý, các vua nhà Trần cố gắng hợp nhất tất cả tín ngưỡng tôn giáo và địa phương thành một tôn giáo thống nhất cốt yếu là dưới sự bảo hộ của phái Trúc Lâm. Phái nầy dấn thân trên con đường chính trị nhiều hơn phái Thiền ở Trung Hoa. Theo vua Trần Nhân Tôn, Phật giáo phải phục vụ đời sống xã hội cũng như đời sống tâm linh ở chùa chiền. (đời và đạo) Chính nhờ ông mà phái Trúc Lâm thể hiện được con đường tinh hoa trong học thuyết của mình. Làm vua, ông biết làm thế nào để cổ động nhân dân để chống lại anh dũng hai lần cuộc xâm lăng của giặc Nguyên. Làm cha, ông biết cách giáo dục con cái một cách nghiêm khắc nhất là với Trần Thuyên, tức là vua Trần Anh Tôn. Vài năm sau đó (1298), ông lui về tu viện ở Yên Tử cùng hai thiền sư khác lập ra phái thiền Trúc Lâm. Dù có phục vụ quốc gia và đời sống xã hội, Phật giáo Trúc Lâm được xem thời đó là quốc giáo, đã gặp nhiều khó khăn nghiêm trọng. Uy quyền của vua có thể bị hủy hoại bởi những thiếu sót vốn có ở nơi Phật giáo: lòng từ bi, rộng lượng, tha thứ, bố thí cúng dường thường thấy ở các chùa vân vân… Một vị vua Phật giáo không thể nào bảo vệ được lời ích quốc gia để chống lại giới luật của đạo Phật vì có thể thất bại dễ dàng trong nhiệm vụ. Đó là trường hợp của vua Lý Thánh Tôn mà sữ gia Lê văn Hưu không ngần ngại phê bình chỉ trích trong Đai Việt Sử Ký về việc ân xá Nùng Trí Cao nổi loạn. Đối với sữ gia, trật tự chính trị không còn nghiêm ngặt được nữa. Đôi khi các ân huệ (tiền của, đất đai) mà nhà nước ban cho các chùa khiến các chùa còn giàu hơn nhà nước.
Dưới triều Lý, các vụ giết người cũng được trừng phạt tương tự như các trọng tội. Chính vì thế mà không phân biệt được mức độ nghiêm trọng xữ phạt mà ngược lại tạo ra sự buôn thả tiềm tàng và sự coi thường hệ thống pháp luật khi đương sự quên cân nhắc những hành vì lầm lỡ. Từ lâu các nhà sư chỉ đặt mình dưới quyền của cấp trên và chỉ tuân theo luật pháp được thiết lập bởi giới tăng lữ Phật giáo (hoặc vinaya) khiến họ ở ngoài phạm vi luật pháp của triều đình. Chính vì đó mà các học giã nho giáo bất đầu thể hiện mối quan tâm về việc buôn lỏng của hệ thống chính trị và tư pháp và sự phát triển của các cuộc biến loạn ở nông thôn (Nguyễn Bố, Phạm Sư Ôn chẳng hạn) và các cuộc tấn công của Chămpa với Chế Bồng Nga dưới triều đại của vua Trần Dự Tôn (1342-1369).
Dưới hai triều Trần Anh Tôn và Trân Minh Tôn, thái phó Trương Hán Siêu đã tố cáo ảnh hưởng càng ngày càng tăng của các tổ chức Phật giáo ở nông thôn. Một trong những học sinh ưu tú của sĩ phu Chu Văn An, nhà Khổng giáo Lê Quát, không tiết lời để tố cáo niềm tin nơi ở đạo Phật của mọi tầng lớp xã hội. Việc trở về với trật tự Nho giáo tỏ ra cần thiết với Hồ Qúi Ly, kẻ soán ngoi nhà Trần. Ông cố gắng tịnh hóa giáo lý Phật giáo vào năm 1396 và đưa ra sự kiểm soát chặt chẽ hơn cấu trúc của Phật giáo với việc bổ nhiệm các giáo dân trong hệ thống cấp bậc của Phật giáo. Các nhà sư chưa đầy năm mươi tuổi đã bị buộc trở lại với cuộc sống dân sự. Vì có dã tâm bành trướng chính sách đồng hoá nên khi nhà Minh (1407-1428) xâm chiếm Vietnam thì có sự khuyến khích của các nguồn máy hành chánh trong việc củng cố Nho giáo. Vì thế Phật giáo mất đi sự bảo vệ của triều đình và ảnh hưởng chính trị dưới triều Lê. Qua bộ luật hình sự, dưới ảnh hưởng của Khổng giáo, các hình phạt rất nghiêm khắc nhầm để khôi phục không chỉ đạo đức mà còn cả uy quyền của triều đình.
Dưới thời nhà Nguyễn, Phật giáo Việtnam tiếp tục suy tàn vì nhà Nguyễn dưa trên mô hình hành chánh của nhà Thanh vào đầu thế kỷ 19. Mặc dù vậy, Phật giáo vẫn tiếp tục là một tôn giáo phổ biến vì ngoài các giới luật (rộng lượng, nhã nhặn, từ bi, thiền vân vân..), nó dễ dàng thích nghi với phong tục và tín ngưỡng địa phương. Chính nhờ sự khoan dung mà Phật giáo qua nhiều thế kỷ trở thành một tôn giáo vẻ vang mà mọi người dân Việt dễ dàng tiếp cận.